Sjøorganisasjonen er Scientology Kirkens religiøse orden, og den består av de mest dedikerte scientologene – personer som har besluttet å vie livet sitt til frivillig å tjene sin religion. Sjøorganisasjonen er en religiøs broderorden og er ikke et registrert selskap. Medlemmer av Sjøorganisasjonen er derfor fullt ut ansvarlige ovenfor den Scientology Kirken de arbeider i, og er som alle andre medarbeidere underlagt offiserer og ledere av den kirken.
Sjøorganisasjonen ble opprettet i 1967 og opererte tidligere fra en rekke skip. Den ble opprettet for å hjelpe L. Ron Hubbard med avansert forskning og for å føre tilsyn med kirke-organisasjoner rundt om i verden. Sjøorganisasjonen er betrodd å sørge for at Scientologys avanserte servicer blir levert.
Sjøorganisasjonen bevarer sitt tradisjonelle navn, selv om de fleste av dens medlemmer i dag er bosatt på land. I overensstemmelse med tradisjonen fra ordenens begynnelse bærer de likevel fortsatt uniformer i maritim stil og har militære grader.
Sjøorganisasjonens motorfartøy Freewinds er helt og holdnet bemannet av medlemmer i Sjøorganisasjonen. Ved benyttelse av treningsmaterialene L. Ron Hubbard utviklet i de tidligere årene av Sjøorganisasjonen, har Freewinds den beste sikkerheten og servicejournalen av alle skip i Karibia.
Som frivillige og medlemmer av en religiøs orden arbeider Sjøorganisasjonens medlemmer mange timer, bor i bofellesskaper, spiser sammen og bærer uniformer, de mottar legebehandling og tannpleie, og det blir sørget for deres transport. Dessuten blir alle utgifter i forbindelse med deres verv dekket av Kirken. De får også lommepenger til å kjøpe personlige artikler, da alle deres andre utgifter er fullt dekket av Kirken.
Sjøorganisasjonens medlemmer deltar i Scientology-trening og -auditering i en viss tidsperiode hver dag, men ellers er de dedikerte til å fremme Scientologys mål gjennom sine egne funksjoner.
Stillinger i Sjøorganisasjonen tilsvarer de som finnes i andre religiøse ordner. De går i spissen for kirkens omfattende sosiale aktiviteter, inkludert verdens største ikke-statlige informasjonskampanje mot stoffer, den største opplysningskampanjen om menneskerettigheter samt mange andre globale programmer som påvirker millioner av menneskers liv. Sjøorganisasjonens medlemmer er veldig oppmerksomme på den verdenen de lever i, da de er dedikert til å hjelpe Menneskeheten. De lever ikke klosterliv, men er i stor grad en del av samfunnet.
I dag har omkring 5000 medlemmer av Sjøorganisasjonen stillinger i de øverste nivåene av Scientology Kirkens organisasjoner rundt om i verden, og sikrer at religionen er tilgjengelig for Scientologys millioner av medlemmer, som bor og arbeider utenfor kirken.